Pendant de nombreuses années, les différents partis de la Gauche non-socialiste ont travaillé ensemble au sein d'un même groupe parlementaire au Parlement européen. En 1989, cependant, quatre partis – le Parti Communiste italien, la Gauche Unie espagnole, le Parti Socialiste Populaire danois et Synaspismos de Grèce – décident de former un groupe parlementaire commun : la Gauche Unitaire Européenne (GUE).
Après l'adhésion du PC italien, dorénavant appelé PDS, à l'Internationale socialiste ainsi qu'au groupe parlementaire socialiste du PE en 1991, un processus de rassemblement de toutes les forces de la Gauche non socialiste prend son début. En 1994 et après l'adhésion d'autres partis à l'alliance, celle-ci s'établit en tant que véritable groupe parlementaire sous le nom de Groupe Confédéral de la Gauche Unitaire Européenne (GUE). Les partis membres sont : la Gauche Unie espagnole, le Parti Communiste Français, le Parti de la Refondation Communiste italien, le Parti Communiste portugais, le Parti Communsite grec et Synaspismos de Grèce.
Après l'élargissement de l'UE au pays nordiques et à l'Autriche en janvier 1995, le groupe s'élargit au partis suivants : le Parti de Gauche suédois, l'Alliance de Gauche finnoise et le Parti Socialiste Populare danois. Les trois partis forment la Gauche Verte Nordique (NGL) au sein du groupe.
En conséquence, le groupe est renommé Groupe Confédéral de la Gauche Unitaire Européenne/Gauche Verte Nordique et choisit l'abréviation GUE/NGL comme acronyme officiel. En 1998, le parlementaire européen Ken Coates rejoint le groupe après avoir expulsé du Labour Party britannique, quittant ainsi le Parti Socialiste Européen. Le parlementaire italien Carlo Ripa Di Meana fait de même : l'ancien commissaire européen de l'Environnement quitte les Verts pour devenir le 34e parlementaire du groupe GUE/NGL. Le groupe parlementaire compte dorénavant des députés de huit pays différents.
Lors des élections européennes de 1999, tous les partis représentés arrivent à défendre leur présence au Parlement européen. En outre, le Parti Socialiste Populaire danois ainsi que le Parti du Socialisme Démocratique allemand passent d'un statut d'associé au statut de membre à part entière. Ils sont suivis du parti grec DIKKI, qui adhère intégralement au groupe, ainsi que de cinq députés français de la liste LO-LCR, qui deviennent membres associés.
Ajoutons enfin que des partis qui, actuellement, ne siègent pas au Parlement européen coopèrent activement avec le groupe de la GUE/NGL, tels que le Parti Socialiste de Gauche norvégien et La Gauche du Luxembourg.
En 2001, deux parlementaires – Ilka Schröder (DE) du groupe des Verts ainsi que Freddy Blak (DK) du Parti Européen Socialiste – rejoignent la GUE/NGL.
Un an plus tard, en 2002, six députés font de même : Ole Krarup et Jens Okking (DK) du Groupe pour l'Europe des Démocraties et des Différences ainsi que Gérard Caudron, Michel Dary, Sami Nair et Michel-Angel Scarbonchi (FR) du Parti Européen Socialiste. La GUE/NGL compte dorénavant 49 députés de dix pays et représente le quatrième groupe le plus représentatif au sein du Parlement européen.
Au cours du processus d'élargissement de l'UE à dix nouveaux pays membres, sept observateurs adhèrent au groupe en 2003, originaires de Chypre (2), de la République tchèque (3), de la Lettonie (1) et de la Slovaquie (1).
Lors des élections européennes de juin 2004, et grâce à des performances solides de la plupart des partis membres de la GUE/NGL, 39 représentants retournent au Parlement européen, et deux nouveaux députés s'installent à Bruxelles.